Je profite de ce long week-end pour rattraper un peu mon retard. Eh oui, ici aussi, nous avons un week-end de trois jours mais point de Pentec\u00f4te\u00a0: il s\u2019agit du Memorial Day (jour de m\u00e9moire pour les gens tomb\u00e9s en d\u00e9fendant la libert\u00e9). J\u2019en reparlerai un peu plus tard.<\/p>\n
Me voici donc parti vous raconter une nouvelle petite aventure\u00a0! Cette fois-ci j\u2019ai d\u00e9cid\u00e9 de vous faire partager un peu de ma vie dans l\u2019Institut, histoire de vous montrer les diff\u00e9rences que l\u2019on peut rencontrer entre la France et ici. Prenez votre tasse de caf\u00e9, vos gants et votre blouse et faisons un tour dans le monde de la recherche sur le nouveau continent\u00a0!<\/p>\n
Quand on travaille \u00e0 c\u00f4t\u00e9 d\u2019une c\u00e9l\u00e9brit\u00e9…<\/strong><\/p>\n La premi\u00e8re chose qui m\u2019a frapp\u00e9 a \u00e9t\u00e9 mon voisin de bureau. Ne vous inqui\u00e9tez pas, il n\u2019a us\u00e9 d\u2019aucune violence (son flegme tout anglais ne pourrait le lui permettre). Non, ce qui m\u2019a frapp\u00e9 est sa soudaine c\u00e9l\u00e9brit\u00e9\u00a0: eh oui, Ian est devenu une star au cours du mois d\u2019avril\u00a0! Je m\u2019explique.<\/p>\n Durant nos premiers \u00e9changes par e-mails pour pr\u00e9parer mon arriv\u00e9e \u00e0 San Antonio, il m\u2019avait fait part du fait qu\u2019il \u00e9tait tr\u00e8s pris par son travail. \u00c7a ne m\u2019a pas vraiment surpris (un chercheur est g\u00e9n\u00e9ralement bien occup\u00e9). Lorsque je suis arriv\u00e9 \u00e0 l\u2019Institut, j\u2019ai compris pourquoi il avait \u00e9t\u00e9 aussi occup\u00e9 ces derni\u00e8res semaines\u00a0: son article dans Science venait d\u2019\u00eatre accept\u00e9 (il faut savoir que Science et Nature sont les deux journaux dans lesquels tout chercheur souhaite un jour publi\u00e9). Pour vous la faire courte\u00a0: Ian travaille sur un autre parasite que moi, Plasmodium falciparum<\/a><\/em>, responsable de la malaria et son travail a permis d\u2019identifier une r\u00e9gion du g\u00e9nome du parasite impliqu\u00e9e dans la r\u00e9sistance \u00e0 un m\u00e9dicament antimalaria, l\u2019art\u00e9misinine<\/a> (le plus efficace trouv\u00e9 cette derni\u00e8re d\u00e9cennie), r\u00e9sistance qui commence \u00e0 \u00e9merger dans le Sud-Est asiatique (cf. le r\u00e9sum\u00e9 de l\u2019article<\/a> en anglais). Cette d\u00e9couverte est assez importante et je m\u2019en vais vous expliquer pourquoi. Comme vous le savez s\u00fbrement, lorsqu\u2019un m\u00e9dicament est efficace, il est largement utilis\u00e9. Lorsqu\u2019il s\u2019agit d\u2019un m\u00e9dicament combattant des organismes pathog\u00e8nes (antibiotiques contre les bact\u00e9ries, anti-viraux, anti-parasitaires), des r\u00e9sistances chez les parasites peuvent \u00e9merger (\u00e9mergence d\u2019autant plus fr\u00e9quente que le m\u00e9dicament est employ\u00e9 de fa\u00e7on intensive). Et si jamais une r\u00e9sistance venait \u00e0 se r\u00e9pandre dans les populations de parasites, cela poserait des probl\u00e8mes sanitaires assez \u00e9vidents. L\u2019identification de la partie du g\u00e9nome responsable de la r\u00e9sistance \u00e0 l\u2019art\u00e9misinine est une grande avanc\u00e9e puisqu\u2019elle permettra l\u2019identification du ou des g\u00e8nes de r\u00e9sistance, ce qui permettra d\u2019identifier les populations r\u00e9sistantes (et ainsi de varier les traitements pour \u00e9viter que la r\u00e9sistance ne s\u2019installe), mais aussi de cr\u00e9er des variantes du m\u00e9dicament pour contourner cette r\u00e9sistance. D\u2019ailleurs, \u00e0 ma connaissance, il s\u2019agit de la premi\u00e8re fois qu\u2019on identifie une r\u00e9gion g\u00e9nomique impliqu\u00e9e dans une r\u00e9sistance avant que celle-ci ne soit bien \u00e9tablie dans les populations de parasites.<\/p>\n L\u2019article a \u00e9t\u00e9 jug\u00e9 tellement int\u00e9ressant par les \u00e9diteurs de Science qu\u2019Ian a fait l\u2019objet d\u2019une interview d\u00e9but avril que vous pouvez \u00e9couter ici<\/a> (ou lire ici<\/a>). Cette c\u00e9l\u00e9brit\u00e9 est m\u00eame internationale puisque le Guardian (l\u2019\u00e9quivalent du Monde en Angleterre) a fait un article sur le sujet. Et m\u00eame un journaliste de notre Science&Vie national souhaitait \u00e9galement \u00e9crire un article sur la d\u00e9couverte et a donc interview\u00e9 Ian courant avril (j\u2019aimerais bien aussi que Science&Vie m\u2019interviewe…). Cette c\u00e9l\u00e9brit\u00e9 soudaine n\u2019a pas manqu\u00e9 de faire son petit buzz dans l\u2019Institut et les f\u00e9licitations ont plu (et tant mieux pour lui). M\u00eame si l\u2019euphorie est maintenant retomb\u00e9e, c\u2019\u00e9tait tout de m\u00eame une p\u00e9riode assez marrante.<\/p>\n Informatique quand tu nous es indispensable\u00a0!<\/strong><\/p>\n Ah, l\u2019informatique en entreprise, c\u2019est quand m\u00eame quelque chose\u00a0! Je dois bien avouer que les milieux universitaires fran\u00e7ais sont tout de m\u00eame tr\u00e8s loin d\u2019une gestion efficace de leurs parc et r\u00e9seau informatiques (enfin, de ce que j\u2019en ai vu \u00e0 Perpignan, Antibes et Poitiers). Autant en France, je pouvais faire un peu ce que je voulais avec ma machine avec une optimisation r\u00e9seau assez pauvre, autant ici, c\u2019est l\u2019inverse. On vous fournit un identifiant et un mot de passe qui vous servira pour toutes vos activit\u00e9s informatiques (consultation d\u2019emails, ouverture de votre session sur n\u2019importe quel PC du r\u00e9seau, connexion aux serveurs de calculs) mais vous ne pourrez faire aucune t\u00e2che administrative (principalement installation de nouveaux logiciels). Il est vrai qu\u2019au d\u00e9but, c\u2019est assez d\u00e9routant\u00a0: quand vous n\u2019avez eu l\u2019habitude que d\u2019\u00eatre administrateur, devenir un simple utilisateur est assez frustrant au premier abord. Mais il faut savoir que beaucoup de logiciel peuvent s\u2019installer en tant qu\u2019utilisateur (surtout quand on conna\u00eet les bons filons) et du coup, j\u2019ai tout de m\u00eame pu optimiser ma machine comme je le souhaitais (principalement utilisation de logiciels libres pour maximiser l\u2019inter-polarit\u00e9 entre le PC du bureau et mon PC perso). Car en tant que fervent d\u00e9fenseur du logiciel libre, ma machine tourne sous Linux. Mais ici, au pays du capitalisme, l\u2019utilisation de logiciel libre (qui a priori ne rapporte rien mais si ce n\u2019est forc\u00e9ment vrai (cf. RedHat)) ne sont pas courant (bien que les serveurs de calculs de l\u2019Institut soient sous Linux…)\u00a0: ici le syst\u00e8me d\u2019exploitation roi n\u2019est autre que notre bon vieux Windows. Et on ne peut pas dire que les logiciels install\u00e9s soient vraiment libre\u00a0: Microsoft Office et tous les outils Microsoft livr\u00e9s de base. Que du bonheur… J\u2019avais bien essay\u00e9 de demander \u00e0 avoir une machine sous Linux mais vu leur r\u00e9ticence, j\u2019ai vite abandonn\u00e9. Du coup, une petite installation d\u2019outils libres pour Windows (Gimp, LibreOffice, FreePlane, etc.) issus du site portableapps.com<\/a> (applications initialement pr\u00e9vus pour \u00eatre transport\u00e9es sur cl\u00e9 USB) dans mon dossier perso et le tour est jou\u00e9. Et pour finir, une petite installation de Cygwin pour \u00e9muler un environnement Unix (comme sous Linux) avec un joli terminal et l\u2019affaire est dans le sac. Ainsi, je peux utiliser mes fichiers et scripts sans souci de compatibilit\u00e9. C\u2019est quand m\u00eame beau l\u2019informatique\u00a0!! Mais le retour sous Windows reste tout de m\u00eame assez douloureux, surtout d\u00fb au manque de flexibilit\u00e9 de l\u2019OS en question… En revanche, mon auto-formation sous Linux durant ma th\u00e8se a, quant \u00e0 elle, trouv\u00e9 toute sa justification\u00a0: l\u2019utilisation des serveurs de calculs, tournant sous Linux et permettant d\u2019effectuer des traitements de donn\u00e9es n\u00e9cessitant d\u2019importantes ressources en terme de puissance de calculs, ne peut s\u2019effectuer qu\u2019en ligne de commande et demande la mise en place de scripts. Comme quoi, j\u2019avais eu une bonne vision \u00e0 l\u2019\u00e9poque (malgr\u00e9 ma myopie).<\/p>\n C\u00f4t\u00e9 r\u00e9seau en revanche, la chose est bien structur\u00e9e\u00a0: si vous utilisez un PC d\u2019acquisition reli\u00e9 \u00e0 une quelconque machine (spectrophotom\u00e8tre, qPCR, etc.) pr\u00e9sente dans l\u2019Institut, vous pouvez vous logger avec votre identifiant et mot de passe et un environnement personnalis\u00e9 est imm\u00e9diatement cr\u00e9\u00e9. En plus, la possibilit\u00e9 de d\u00e9poser des fichiers sur un serveur de donn\u00e9es pour les r\u00e9cup\u00e9rer ensuite sur n\u2019importe quel PC (comme celui de votre bureau) vous offre une flexibilit\u00e9 sans pareil\u00a0: adieu les cl\u00e9s USB et les virus qui vont avec\u00a0! (mais j\u2019en ai toujours une sur moi, on ne sait jamais).<\/p>\n M\u00eame si dans l\u2019ensemble on s\u2019habitue vite \u00e0 devenir un simple \u00ab\u00a0utilisateur\u00a0\u00bb, je dois bien avouer que cela fait assez bizarre. Mais je me suis aussi rendu compte que \u00e7a me rendait un peu plus productif car je n\u2019ai du coup plus besoin de m\u2019occuper des t\u00e2ches administratives (mise \u00e0 jour, etc.). Comme quoi, les nouveaux environnements se rencontrent \u00e0 tous les niveaux…<\/p>\n Du PC \u00e0 la paillasse\u00a0!<\/strong><\/p>\n G\u00e9n\u00e9ralement, la vie d\u2019un jeune chercheur en science exp\u00e9rimentale ne se r\u00e9sume pas \u00e0 passer sa vie devant un PC. Il y a aussi le c\u00f4t\u00e9 paillasse. Et avec ma mince exp\u00e9rience de chercheur, je peux tout de m\u00eame d\u00e9j\u00e0 tirer un constat\u00a0: chaque laboratoire \u00e0 sa fa\u00e7on propre de fonctionner. Ayant fait cinq laboratoires maintenant, j\u2019ai \u00e9t\u00e9 confront\u00e9 \u00e0 deux grands types de gestions\u00a0: une gestion personnelle (o\u00f9 chacun \u00e0 son petit bout de paillasse avec ses pipettes) et une gestion communautaire (ou tout est en commun) avec tout un continuum entre les deux. Ici, on est plus proche du premier type\u00a0: j\u2019ai la chance d\u2019avoir mon petit bout de paillasse o\u00f9 je peux faire mes petites exp\u00e9riences.<\/p>\n Je pense que ce syst\u00e8me, m\u00eame s\u2019il peut \u00eatre consid\u00e9r\u00e9 comme un peu plus \u00ab\u00a0\u00e9go\u00efste\u00a0\u00bb, est finalement plus profitable car chaque chercheur a sa vision bien \u00e0 lui du rangement (surtout Ian, chez qui cette vision semble bien distordue) pouvant g\u00e9n\u00e9rer des tentions lorsque tout le monde n\u2019a pas cette m\u00eame vision\u00a0: il s\u2019agira souvent des m\u00eames personnes qui rangeront le mat\u00e9riel alors que d\u2019autres se contenterons de laisser les choses en plan.<\/p>\n \u00c7a fait maintenant \u00e0 peu pr\u00e8s un mois que je travaille \u00e0 la paillasse (les choses ont \u00e9t\u00e9 un peu longues \u00e0 se mettre en place) et maintenant, les rep\u00e8res sont acquis. C\u2019est plut\u00f4t une bonne chose. Et \u00e0 l\u2019heure actuelle, les choses semblent avancer correctement (en tout cas, je n\u2019ai pas \u00e0 me plaindre m\u00eame si les journ\u00e9es sont parfois un peu longues). Je ne rentrerai pas dans le d\u00e9tails de ce que je fais pour plusieurs raisons\u00a0: la premi\u00e8re est que ce serait un peu trop technique et la seconde est que \u00e7a reste encore confidentielle (m\u00eame si pour le moment, je ne crains pas encore trop la concurrence). Mais pour le moment, \u00e7a roule bien\u00a0!<\/p>\n Memorial Day.<\/strong><\/p>\n Quelques mots sur cette f\u00eate nationale am\u00e9ricaine. Elle s\u2019apparente \u00e0 notre 8 mai et 11 novembre (sauf qu\u2019ici pourquoi deux jours f\u00e9ri\u00e9s lorsqu\u2019on peut en avoir qu\u2019un). Ce qui m\u2019a relativement frapp\u00e9, c\u2019est la ferveur de ce jour\u00a0: dans les commerces et les m\u00e9dia, il s\u2019agit d\u2019un jour r\u00e9ellement important (nos deux jours f\u00e9ri\u00e9s de notre c\u00f4t\u00e9 de l\u2019Atlantique ayant g\u00e9n\u00e9ralement moins d\u2019attrait). En m\u00eame temps, c\u2019est assez logique vu que les \u00c9tats-Unis sont en guerre depuis \u00e0 peu pr\u00e8s la fin de la Seconde Guerre Mondiale\u00a0: Vietnam, Irak, Afghanistan, Irak. Les gendarmes du monde qui parfois compliquent un peu plus les situations g\u00e9o-politiques qu\u2019ils ne les r\u00e9solvent ont effectivement perdu beaucoup de leurs citoyens sur lew champs de bataille (et on sans doute fait fructifier leurs capitaux dans les industries de l\u2019armement). N\u2019ayant pas la t\u00e9l\u00e9vision, je n\u2019ai pu voir s\u2019il y avait des comm\u00e9morations particuli\u00e8res mais, quoi qu\u2019il en soit, \u00e7a reste tout de m\u00eame un jour important.<\/p>\n Voil\u00e0 mon retard rattrap\u00e9. Je pense que le rythme des publications sera plut\u00f4t de trois semaines voire un mois car je dois bien dire que je n\u2019ai plus vraiment mati\u00e8re \u00e0 raconter (quoi qu\u2019il faut encore que je passe mon permis par exemple). Donc ne soyez pas surpris si mes prochains articles sont un peu espac\u00e9s dans le temps.<\/p>\n Sur ces bons mots, je vais vous souhaiter une bonne semaine, en esp\u00e9rant que tout aille bien de votre c\u00f4t\u00e9, et vous dire \u00e0 la prochaine\u00a0!<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Je profite de ce long week-end pour rattraper un peu mon retard. 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