À l’ombre du clavier et des pipettes !

Je profite de ce long week-end pour rattraper un peu mon retard. Eh oui, ici aussi, nous avons un week-end de trois jours mais point de Pentecôte : il s’agit du Memorial Day (jour de mémoire pour les gens tombés en défendant la liberté). J’en reparlerai un peu plus tard.

Me voici donc parti vous raconter une nouvelle petite aventure ! Cette fois-ci j’ai décidé de vous faire partager un peu de ma vie dans l’Institut, histoire de vous montrer les différences que l’on peut rencontrer entre la France et ici. Prenez votre tasse de café, vos gants et votre blouse et faisons un tour dans le monde de la recherche sur le nouveau continent !

Quand on travaille à côté d’une célébrité…

La première chose qui m’a frappé a été mon voisin de bureau. Ne vous inquiétez pas, il n’a usé d’aucune violence (son flegme tout anglais ne pourrait le lui permettre). Non, ce qui m’a frappé est sa soudaine célébrité : eh oui, Ian est devenu une star au cours du mois d’avril ! Je m’explique.

Durant nos premiers échanges par e-mails pour préparer mon arrivée à San Antonio, il m’avait fait part du fait qu’il était très pris par son travail. Ça ne m’a pas vraiment surpris (un chercheur est généralement bien occupé). Lorsque je suis arrivé à l’Institut, j’ai compris pourquoi il avait été aussi occupé ces dernières semaines : son article dans Science venait d’être accepté (il faut savoir que Science et Nature sont les deux journaux dans lesquels tout chercheur souhaite un jour publié). Pour vous la faire courte : Ian travaille sur un autre parasite que moi, Plasmodium falciparum, responsable de la malaria et son travail a permis d’identifier une région du génome du parasite impliquée dans la résistance à un médicament antimalaria, l’artémisinine (le plus efficace trouvé cette dernière décennie), résistance qui commence à émerger dans le Sud-Est asiatique (cf. le résumé de l’article en anglais). Cette découverte est assez importante et je m’en vais vous expliquer pourquoi. Comme vous le savez sûrement, lorsqu’un médicament est efficace, il est largement utilisé. Lorsqu’il s’agit d’un médicament combattant des organismes pathogènes (antibiotiques contre les bactéries, anti-viraux, anti-parasitaires), des résistances chez les parasites peuvent émerger (émergence d’autant plus fréquente que le médicament est employé de façon intensive). Et si jamais une résistance venait à se répandre dans les populations de parasites, cela poserait des problèmes sanitaires assez évidents. L’identification de la partie du génome responsable de la résistance à l’artémisinine est une grande avancée puisqu’elle permettra l’identification du ou des gènes de résistance, ce qui permettra d’identifier les populations résistantes (et ainsi de varier les traitements pour éviter que la résistance ne s’installe), mais aussi de créer des variantes du médicament pour contourner cette résistance. D’ailleurs, à ma connaissance, il s’agit de la première fois qu’on identifie une région génomique impliquée dans une résistance avant que celle-ci ne soit bien établie dans les populations de parasites.

L’article a été jugé tellement intéressant par les éditeurs de Science qu’Ian a fait l’objet d’une interview début avril que vous pouvez écouter ici (ou lire ici). Cette célébrité est même internationale puisque le Guardian (l’équivalent du Monde en Angleterre) a fait un article sur le sujet. Et même un journaliste de notre Science&Vie national souhaitait également écrire un article sur la découverte et a donc interviewé Ian courant avril (j’aimerais bien aussi que Science&Vie m’interviewe…). Cette célébrité soudaine n’a pas manqué de faire son petit buzz dans l’Institut et les félicitations ont plu (et tant mieux pour lui). Même si l’euphorie est maintenant retombée, c’était tout de même une période assez marrante.

Informatique quand tu nous es indispensable !

Ah, l’informatique en entreprise, c’est quand même quelque chose ! Je dois bien avouer que les milieux universitaires français sont tout de même très loin d’une gestion efficace de leurs parc et réseau informatiques (enfin, de ce que j’en ai vu à Perpignan, Antibes et Poitiers). Autant en France, je pouvais faire un peu ce que je voulais avec ma machine avec une optimisation réseau assez pauvre, autant ici, c’est l’inverse. On vous fournit un identifiant et un mot de passe qui vous servira pour toutes vos activités informatiques (consultation d’emails, ouverture de votre session sur n’importe quel PC du réseau, connexion aux serveurs de calculs) mais vous ne pourrez faire aucune tâche administrative (principalement installation de nouveaux logiciels). Il est vrai qu’au début, c’est assez déroutant : quand vous n’avez eu l’habitude que d’être administrateur, devenir un simple utilisateur est assez frustrant au premier abord. Mais il faut savoir que beaucoup de logiciel peuvent s’installer en tant qu’utilisateur (surtout quand on connaît les bons filons) et du coup, j’ai tout de même pu optimiser ma machine comme je le souhaitais (principalement utilisation de logiciels libres pour maximiser l’inter-polarité entre le PC du bureau et mon PC perso). Car en tant que fervent défenseur du logiciel libre, ma machine tourne sous Linux. Mais ici, au pays du capitalisme, l’utilisation de logiciel libre (qui a priori ne rapporte rien mais si ce n’est forcément vrai (cf. RedHat)) ne sont pas courant (bien que les serveurs de calculs de l’Institut soient sous Linux…) : ici le système d’exploitation roi n’est autre que notre bon vieux Windows. Et on ne peut pas dire que les logiciels installés soient vraiment libre : Microsoft Office et tous les outils Microsoft livrés de base. Que du bonheur… J’avais bien essayé de demander à avoir une machine sous Linux mais vu leur réticence, j’ai vite abandonné. Du coup, une petite installation d’outils libres pour Windows (Gimp, LibreOffice, FreePlane, etc.) issus du site portableapps.com (applications initialement prévus pour être transportées sur clé USB) dans mon dossier perso et le tour est joué. Et pour finir, une petite installation de Cygwin pour émuler un environnement Unix (comme sous Linux) avec un joli terminal et l’affaire est dans le sac. Ainsi, je peux utiliser mes fichiers et scripts sans souci de compatibilité. C’est quand même beau l’informatique !! Mais le retour sous Windows reste tout de même assez douloureux, surtout dû au manque de flexibilité de l’OS en question… En revanche, mon auto-formation sous Linux durant ma thèse a, quant à elle, trouvé toute sa justification : l’utilisation des serveurs de calculs, tournant sous Linux et permettant d’effectuer des traitements de données nécessitant d’importantes ressources en terme de puissance de calculs, ne peut s’effectuer qu’en ligne de commande et demande la mise en place de scripts. Comme quoi, j’avais eu une bonne vision à l’époque (malgré ma myopie).

Côté réseau en revanche, la chose est bien structurée : si vous utilisez un PC d’acquisition relié à une quelconque machine (spectrophotomètre, qPCR, etc.) présente dans l’Institut, vous pouvez vous logger avec votre identifiant et mot de passe et un environnement personnalisé est immédiatement créé. En plus, la possibilité de déposer des fichiers sur un serveur de données pour les récupérer ensuite sur n’importe quel PC (comme celui de votre bureau) vous offre une flexibilité sans pareil : adieu les clés USB et les virus qui vont avec ! (mais j’en ai toujours une sur moi, on ne sait jamais).

Même si dans l’ensemble on s’habitue vite à devenir un simple « utilisateur », je dois bien avouer que cela fait assez bizarre. Mais je me suis aussi rendu compte que ça me rendait un peu plus productif car je n’ai du coup plus besoin de m’occuper des tâches administratives (mise à jour, etc.). Comme quoi, les nouveaux environnements se rencontrent à tous les niveaux…

Du PC à la paillasse !

Généralement, la vie d’un jeune chercheur en science expérimentale ne se résume pas à passer sa vie devant un PC. Il y a aussi le côté paillasse. Et avec ma mince expérience de chercheur, je peux tout de même déjà tirer un constat : chaque laboratoire à sa façon propre de fonctionner. Ayant fait cinq laboratoires maintenant, j’ai été confronté à deux grands types de gestions : une gestion personnelle (où chacun à son petit bout de paillasse avec ses pipettes) et une gestion communautaire (ou tout est en commun) avec tout un continuum entre les deux. Ici, on est plus proche du premier type : j’ai la chance d’avoir mon petit bout de paillasse où je peux faire mes petites expériences.

Je pense que ce système, même s’il peut être considéré comme un peu plus « égoïste », est finalement plus profitable car chaque chercheur a sa vision bien à lui du rangement (surtout Ian, chez qui cette vision semble bien distordue) pouvant générer des tentions lorsque tout le monde n’a pas cette même vision : il s’agira souvent des mêmes personnes qui rangeront le matériel alors que d’autres se contenterons de laisser les choses en plan.

Ça fait maintenant à peu près un mois que je travaille à la paillasse (les choses ont été un peu longues à se mettre en place) et maintenant, les repères sont acquis. C’est plutôt une bonne chose. Et à l’heure actuelle, les choses semblent avancer correctement (en tout cas, je n’ai pas à me plaindre même si les journées sont parfois un peu longues). Je ne rentrerai pas dans le détails de ce que je fais pour plusieurs raisons : la première est que ce serait un peu trop technique et la seconde est que ça reste encore confidentielle (même si pour le moment, je ne crains pas encore trop la concurrence). Mais pour le moment, ça roule bien !

Memorial Day.

Quelques mots sur cette fête nationale américaine. Elle s’apparente à notre 8 mai et 11 novembre (sauf qu’ici pourquoi deux jours fériés lorsqu’on peut en avoir qu’un). Ce qui m’a relativement frappé, c’est la ferveur de ce jour : dans les commerces et les média, il s’agit d’un jour réellement important (nos deux jours fériés de notre côté de l’Atlantique ayant généralement moins d’attrait). En même temps, c’est assez logique vu que les États-Unis sont en guerre depuis à peu près la fin de la Seconde Guerre Mondiale : Vietnam, Irak, Afghanistan, Irak. Les gendarmes du monde qui parfois compliquent un peu plus les situations géo-politiques qu’ils ne les résolvent ont effectivement perdu beaucoup de leurs citoyens sur lew champs de bataille (et on sans doute fait fructifier leurs capitaux dans les industries de l’armement). N’ayant pas la télévision, je n’ai pu voir s’il y avait des commémorations particulières mais, quoi qu’il en soit, ça reste tout de même un jour important.

Voilà mon retard rattrapé. Je pense que le rythme des publications sera plutôt de trois semaines voire un mois car je dois bien dire que je n’ai plus vraiment matière à raconter (quoi qu’il faut encore que je passe mon permis par exemple). Donc ne soyez pas surpris si mes prochains articles sont un peu espacés dans le temps.

Sur ces bons mots, je vais vous souhaiter une bonne semaine, en espérant que tout aille bien de votre côté, et vous dire à la prochaine !